Om de binnenvaart optimaal te laten verlopen, voert de Haven van Brussel regelmatig baggerwerken uit. Op de bodem van het kanaal is namelijk veel slib terug te vinden door de constante stroming en regenval. Als er te weinig gebaggerd wordt, kan dat zorgen voor overstromingen of vaarproblemen voor grote schepen
De baggerwerken worden uitgevoerd volgens een programma dat over 20 jaar gespreid is en continu door de Haven wordt bijgewerkt.
De Haven baggert bij voorkeur op strategische plaatsen die belangrijk zijn voor de navigatie en die economisch verantwoord zijn.
Er wordt gemiddeld 50.000 m³ per jaar gebaggerd en het slib wordt verwerkt om opnieuw te kunnen worden gebruikt.
Voor de campagne 2019-2020 zal 5,5 miljoen euro worden uitgegeven.